任何意圖靶蛋白都有不止一種抗體可供選擇，為縮小抗體的選擇規模從中選取適宜的抗體，需要考慮如下三大要素：
一、分析試驗的運Ψ用類型：一般抗體說明書都列出該∴抗體經試驗驗證過適▓用於何種分析類型，如：可以運用於WB IHC ICC ELASA 分析等，假設抗體說明書沒有提及的運用類型，並不意味著該抗體不適用於此種分▅析運用類型，而僅是說明沒有通過此種分析試驗驗證，假設抗體不適用 某些』分析試驗，則會在抗體說明書上標註出來不適於某︾分析試驗。
二、樣本蛋白的結構性質：了解樣本蛋白的結構性質有助於選擇適宜的抗體，至少兩方面要△素需求考慮：
1. 待測樣本蛋白的結構域：抗體是由各種不№同免疫原免疫宿主而【制備得來，其間的免疫原包含：全長蛋白、蛋白片斷、多肽、全有機體（如：細菌）或細胞，抗體↑說明書一般都有免疫原的描繪，假設方案檢測的是蛋白片卐斷或一種特別的同型物或蛋白全長的某一區域，則必須選擇用含◥此片段域的免疫原制備出的抗體。假設方案用①FACS 流式檢測活細胞的表面蛋白，則需求選擇含該表面蛋白的胞外】域來免疫制備○的抗體。
2. 樣本的提取或處理過程：某些抗體要〗求樣本通過某些特別處理，例如：許多抗¤體只辨認復原和變性的、表位已顯⌒ 露不受二級四級結構阻礙的蛋白樣本■，另一方面，某些抗體僅辨認天然折疊狀態的蛋白。當選擇免疫組化的抗體時，應留心某些抗體只辨認未固定的冷凍的安排，而另一→些抗體則適用於無需抗原批改解交聯步聚的甲醛固定白臘包埋的安排，這些都會在抗體說明書上運用部分標明出來。
三、樣本的物々種：應選擇物種相同或有交叉反應的抗體，抗體可能與不同物種的同種靶蛋白有交叉反應，因其氨基酸序列同源性較高，假設國產ELISA試劑盒樣本的種類未列入抗體說明書上的交叉反應種屬表中，並不意味著該抗體不適用於檢測該物種的蛋白╱，而僅僅表明該物種沒有用此抗體檢測驗證過，應通過序列比對的方法來預測交叉反應，可運用Expasy 和 NCBI BLAST 來進行不同物種蛋白同源性比對。
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